История больницы насчитывает более 100 лет. Точная дата основания инфекционной больницы неизвестна. Больница расположена в нескольких приспособленных зданиях, в которых ранее размещался постоялый двор.

В помещении бывшей конюшни находится прачечная больницы, в которой проведен капитальный ремонт с реконструкцией. Одно из клинических отделений расположено в бывшем купеческом доме, принадлежавшем братьям Цикуновым.

Больница была рассчитана на 249 коек, но во время Великой Отечественной войны в ней находилось на лечении до 305 больных. В основном, это были больные с брюшным и сыпным тифом, дифтерией, скарлатиной. С 1958 года по 1975 год в больнице произошли большие преобразования: были построены пищеблок, приёмное отделение, мельцеровские  боксы для изоляции и лечения больных с особоопасными инфекциями, проведен капитальный ремонт детского инфекционного отделения. За время своего существования неоднократно менялись названия больницы:

 — 1-я Советская больница,

 — 2-я городская больница,

 — городская инфекционная больница,

 — с 2001 года — Муниципальное учреждение здравоохранения «Специализированная инфекционная больница».

с декабря 2011г. — муниципальное бюджетное учреждение здравоохранения «Специализированная инфекционная больница». С 1979 года по 1988 год инфекционная больница работала в составе Больницы скорой медицинской помощи (БСМП).

С 1988 года инфекционная больница вновь выделена в самостоятельное учреждение.

В состав МБУЗ «Специализированная инфекционная больница» входит бактериологическая лаборатория, которая оказывает услуги не только больным стационара, но и всем ЛПУ г. Новочеркасска, входящим в систему ОМС. В последние годы проведена полная реконструкция мельцеровских боксов. В настоящее время инфекционная больница продолжает выполнять свои функции по борьбе с инфекционными заболеваниями и лечению инфекционных больных, взрослых и детей, обслуживая весь город, а также прилегающие сельские районы